中藥超微粉碎機是將物料由加料斗進入到粉碎室，通過高速旋轉的刀片進行粉碎，調節分級輪和分機盤的距離來達到所需的物料細度，高速旋轉的風葉將達到要求的物料從粉碎室引到集料箱布袋中，而未達到要求的物料則繼續在粉碎室中進行粉碎，集料箱布袋產生的粉塵被吸塵箱收集，一般來說存在以下幾種問題。
　　1．安全方面
　　生產中要求選定的設備應穩定性好、對產品無污染，同時要注意粉體的自燃問題。
　　2．粉碎程度方面
　　中藥主要為植物藥、動物藥、礦物藥，其中植物藥根據藥用部位又分根、莖、葉、花、果實、種子、樹皮等，且成分十分復雜，并不是所有的藥物均適宜進行超細粉碎處理，也不是粉末越細越好。如含揮發油的藥物，超細粉碎制備粉體時有可能損失揮發油成分，影響藥效，因此需認真考察。
　　3．體內黏附方面
　　由于生物粉碎顆粒很小，是否會黏附在胃腸黏膜上，影響胃腸蠕動、黏膜吸收、胃腸激素分泌、細胞及細胞膜功能等問題仍有待考察。江西中醫學院等考察了一些中藥超微粉在臨床上未發現上述黏附等不良現象，但這尚需進一步大規模的臨床考察。
　　4．毒副反應方面
　　含毒性成分的藥物，超細粉碎有可能使其毒性增加，影響用藥安全性。生物粉碎制劑溶出度增加，使有效成分與其他成分的溶出同時增加，中藥細胞破壁后細胞內活性成分是否會發生化學變化而在腎、肝、血液、心血管、神經系統等器官或系統引起新的不良反應或毒副作用，應仔細考察，同時須加強藥理和臨床研究。
　　五、中藥超微粉碎前景
　　中藥是中國的文化瑰寶。進入21世紀后，全球進入老齡化社會。人們防治疾病的觀念，乃至醫療模式都發生了重要的改變。現在，人們知道疾病的防范要重在預防、保健，重在對亞健康狀態的及時調整，而中醫理論強調“天人合一”，主張人和環境的協調統一；強調“固本扶正”、“外因通過內因起作用”；強調“藥食兩用”；中藥因其具有的種種特點，加上全球回歸自然的大趨勢，使得人們都寄希望于中藥和天然藥物。